ご質問の「使用許諾」が専用使用権である場合には，特許庁への設定登録が効力発生要件ですので，登録は必須です。これは，特許・実用新案・意匠においても同様です。
また，通常使用権である場合でも，商標に限り，特許庁への設定登録が第三者対抗要件ですので，特許庁への登録を強くお薦め致します。
ご質問者は，おそらく特許・実用新案・意匠における通常実施権の当然対抗制度をご存知で，商標についても同じであろうとお考えのことと拝察しますが，商標だけはこの通常実施権の当然対抗制度が設けられておりません（特許・実用新案・意匠の通常実施権の当然対抗制度については，各Ｑ＆Ａをご覧ください）。
従って，商標については，依然として特許庁への通常使用権の設定登録が第三者対抗要件ですから，ご質問者が特許庁に設定登録しないうちに，その商標権が第三者に譲渡されてしまったら，ご質問者様は新しい権利者から，使用差止を請求されるなどの恐れがございます。
商標については，その他の特許・実用新案・意匠とは異なりますので，ご注意ください。